流式細胞儀測定的標本，不論是外周血細胞、培養(yǎng)細胞或組織來源細胞，首先要保證是單細胞懸液，對不同來源的細胞制備成單細胞懸液有不同的處理程序。
(一)外周血淋巴細胞樣品的制備
血和骨髓：天然單細胞懸液。當(dāng)有血凝塊時，應(yīng)用50μm尼龍網(wǎng)過濾，同時進行細胞計數(shù)和血涂片以判斷靶細胞群體是否仍然存在。一般采取密度梯度離心法。
(二)培養(yǎng)細胞的樣品制備
貼壁生長的單層細胞需要用蛋白酶消化后用機械法分離。
(三)新鮮實體組織單細胞懸液的制備
一般采取機械法、酶處理法、化學(xué)試劑處理法和表面活性劑處理法等方法。分離不僅是要獲得最大產(chǎn)量的單細胞懸液，還要盡量保證細胞結(jié)構(gòu)的完整性和抗原性。大多數(shù)淋巴樣組織可用輕柔的機械方法快速分離，并保持收獲細胞的相對完整。某些組織由于細胞間連接緊密，需在機械分離的基礎(chǔ)上用蛋白水解酶如胰蛋白酶、胃蛋白酶。骨髓標本亦可能因骨細胞成分污染而需要酶消化。但使用酶法一定要確認酶的使用沒有改變、減弱靶抗原的表達，細胞活性沒有顯著降低。
(四)單細胞懸液的保存
常用的處理方法有三種：
1.深低溫保存法。
2.乙醇或甲醇保存法。
3.甲醛或多聚甲醛固定法。
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