1.目標(biāo)和對(duì)象不同

對(duì)政府的財(cái)政收支或者國有金融機(jī)構(gòu)和企事業(yè)組織財(cái)務(wù)收支進(jìn)行審計(jì)，確定其是否真實(shí)、合法和具有效益

注冊(cè)會(huì)計(jì)師依法對(duì)企業(yè)財(cái)務(wù)報(bào)表進(jìn)行審計(jì)、確定其是否符合會(huì)計(jì)準(zhǔn)則和相關(guān)會(huì)計(jì)制度，是否公允反映了財(cái)務(wù)狀況、經(jīng)營成果和現(xiàn)金流量

2.標(biāo)準(zhǔn)不同

依據(jù)是《中華人民共和國審計(jì)法》和審計(jì)署制定的國家審計(jì)準(zhǔn)則

依據(jù)是《中華人民共和國注冊(cè)會(huì)計(jì)師法》和財(cái)政部批準(zhǔn)發(fā)布的注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)準(zhǔn)則

3.經(jīng)費(fèi)和收入來源不同

政府審計(jì)是政府行為，政府機(jī)關(guān)履行職責(zé)所必須的經(jīng)費(fèi)，列入同級(jí)財(cái)政預(yù)算，由同級(jí)人民政府予以保證

注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)是市場(chǎng)行為，是有償服務(wù)，費(fèi)用由注冊(cè)會(huì)計(jì)師和審計(jì)客戶協(xié)商確定，但是注冊(cè)會(huì)計(jì)師在發(fā)表審計(jì)意見時(shí)，獨(dú)立性不能受到干擾

4.取證權(quán)限不同

政府審計(jì)具有更大的強(qiáng)制力。各有關(guān)單位和個(gè)人應(yīng)當(dāng)支持、協(xié)助審計(jì)機(jī)關(guān)的工作，如實(shí)向?qū)徲?jì)機(jī)關(guān)反映情況，提供有關(guān)證明材料

注冊(cè)會(huì)計(jì)師審計(jì)受市場(chǎng)行為的局限，在獲取審計(jì)證據(jù)時(shí)，很多程度上有賴于企業(yè)及相關(guān)單位配合和協(xié)助，對(duì)企業(yè)及相關(guān)單位沒有行政強(qiáng)制力

5.對(duì)發(fā)現(xiàn)問題的處理方式不同

審計(jì)機(jī)關(guān)對(duì)違反國家規(guī)定的財(cái)政收支、財(cái)政收支行為可在職權(quán)范圍內(nèi)做出審計(jì)決定或者向有關(guān)主管機(jī)關(guān)提出處理、處罰意見

注冊(cè)會(huì)計(jì)師對(duì)審計(jì)過程中發(fā)現(xiàn)的問題只能提請(qǐng)企業(yè)調(diào)整有關(guān)數(shù)據(jù)或進(jìn)行披露，沒有行政強(qiáng)制力；如果企業(yè)拒絕調(diào)整和披露。注冊(cè)會(huì)計(jì)師需要根據(jù)具體情況予以反映，具體表現(xiàn)為出具保留意見或否定意見的審計(jì)報(bào)告