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另一種獨(dú)立研究院所是直屬國家各部委的，主要是為本部委和所屬行業(yè)提供科研成果，同時也利用自身成熟而豐富的科研資源為本行業(yè)培養(yǎng)研究人才，如國家地震局的地球物理研究所、被譽(yù)為金融界“黃埔軍�！钡闹袊嗣胥y行研究生部等。其中直屬衛(wèi)生部的中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院比較特別，它是我國唯一的國家級醫(yī)科學(xué)術(shù)中心和綜合性醫(yī)學(xué)科研機(jī)構(gòu)，與中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)實(shí)行院校合一的管理體制，醫(yī)科院為協(xié)和醫(yī)大提供雄厚的師資和技術(shù)力量，協(xié)和醫(yī)大為醫(yī)科院培養(yǎng)高層次的人才，兩者相互依托，優(yōu)勢互補(bǔ)，這樣教研相長的的管理模式在我國也是獨(dú)一無二的。
還有一種是直屬各省市相關(guān)單位的研究機(jī)構(gòu)，它們的級別低一些，規(guī)模小一些，但是研究方向更靈活、更有針對性，地域性也更強(qiáng)。它們在向所屬省市政府和相關(guān)單位提供科研成果的同時，也為各自領(lǐng)域培養(yǎng)后續(xù)的研究力量，如北京市首都兒科研究所、廣西民族醫(yī)藥研究所等。
此外，有些同樣以科研為主、不招收本科生的研究院所或研究中心是設(shè)在高校內(nèi)部的，它們歸屬于高校，并沒有完全的獨(dú)立性，但具有許多與獨(dú)立院所相似的性質(zhì)和特點(diǎn)，因此也在本文相關(guān)環(huán)節(jié)的討論范圍之內(nèi)，如清華大學(xué)核能與新能源技術(shù)研究院、山東大學(xué)文史哲研究院等。
有些獨(dú)立研究院所還有聯(lián)合招生的情況。出于共享人才資源以形成更廣闊的學(xué)術(shù)視野的原因，或?qū)嵙Σ蛔阋詥为?dú)招生、授課，或其中某些專業(yè)方向還沒有單獨(dú)招生資格等原因，一些研究院所根據(jù)自身情況，與其他相關(guān)領(lǐng)域的培養(yǎng)單位(如本地高校的相關(guān)院系等)合作，聯(lián)合招收、培養(yǎng)研究生。
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